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皮肤是脊椎动物与外界环境之间的主要物理屏障。皮肤微生物的特征对于了解宿主如何与其微生物共生进化、免疫系统发育、诊断疾病以及探索可能影响人类得人畜共患病的起源至关重要。

尽管目前对人类微生物群进行较多的研究，但对于其他哺乳动物、两栖动物、鸟类、鱼类和爬行动物的皮肤微生物群我们却知之甚少。

本综述的目的是总结如何利用高通量测序更好地了解与脊椎动物类成员相关的皮肤微生物，将探讨皮肤微生物类群与脊椎动物之间的联系，包括地理位置、生物性别、动物互作、饮食、圈养、母亲转移和疾病。关于宿主进化史与它们的皮肤微生物群落或系统共生的平行模式的最新文献也将被分析。在设计未来的微生物组研究时，如益生菌研究和濒危动物的保护策略研究，必须考虑这些因素，以确保基础研究得出的结论能转化为有用的应用。

水生哺乳动物

为了进一步保护海洋，对水生哺乳动物的皮肤展开了研究。迄今为止，已对座头鲸、海豚和虎鲸等鲸类进行了采样。海豚和虎鲸的微生物群落之间存在显著差异。来自北太平洋、南太平洋和北大西洋的56头座头鲸（巨翅目新翼鲸）的皮肤活检和脱落的皮肤显示，嗜冷杆菌属和黄杆菌属是这些自由游动的鲸鱼的核心属。在经历合成代谢和分解代谢状态的座头鲸之间这两个属的丰度有显著差异。

图1影响微生物组成的因素

处于不同地理位置鲸类皮肤微生物群不同（图1）。具体来说，近海宽吻海豚的皮肤微生物多样性比沿海宽吻海豚高，而沿海宽吻海豚由于受到沿海径流的影响，个体之间的皮肤微生物更为相似。座头鲸的皮肤微生物群与周围的海水微生物截然不同。同样，圈养海豚的皮肤微生物群与被饲养的环境、食物和空气相关。尽管不同环境的样本可能会相互接触，但每个环境都保持着一个独特的微生物群。未来的研究旨在为改善受皮肤病影响的野生动物的提供保护，因此需对野生动物进行采样，以获取最准确的皮肤微生物群落信息。

鸟类

鸟类皮肤微生物受性别、物种、年龄和栖息地的影响（图1）。欧洲椋鸟（Sturnusvulgaris）和蓝鸟（Sialiasialis）具有明显的性别依赖性多样性，其微生物类群与取样的羽毛相关。这些变化可能是由于两性之间的生理变化，如pH。相比之下，雄性和雌性秃鹰的皮肤微生物没有发现差异。鸟类皮肤微生物也与巢穴的位置和建成时间长短有关。

鸟类是群居动物，其社会性结构有助于细菌的传播。例如，从斑马雀（Taeniopygiaguttata）的羽毛感染了地衣芽孢杆菌，导致了口腔-粪便-生殖器的传播途径。感染先导致自体感染，继而发展为群居性感染，其传播速率因生物学性别而异。体型较大的欧洲椋鸟的羽毛上有更多的细菌。此外，根据培养结果，共享同一个巢穴的蓝鸟传播羽毛细菌。微生物的某些子集被归类为“羽毛降解细菌”，影响羽毛的生长，进而影响鸟类的健康。对三种雀鸟进行了比较。尽管饮食和环境相同，但每种雀鸟都有不同的整体皮肤群落，尽管它们共享保守的核心OTUs。

食腐鸟的饮食习惯会改变它们皮肤微生物的多样性。两种新大陆秃鹫的皮肤微生物超过它们了肠道微生物的多样性（分别为和72OTUs）。频繁接触尸体可以导致皮肤微生物多样性的增加。梭菌和梭杆菌是秃鹰皮肤上的优势菌。

很少有对动物进行从栖息地收集核酸序列的病毒组研究。高通量测序研究15只健康鸡（家养鸡Gallus），并确定它们的皮肤主要被疱疹病毒感染。作者假设这些病毒来自疫苗接种或无症状感染引起的。此外，鸡的皮肤颜色也不同于爬行动物和人类。值得注意的是，鸡皮上没有乳头状瘤病毒和多瘤病毒，这两种病毒通常在人类皮肤上检测到。

爬行动物

尽管爬行动物的皮肤感染与病毒、细菌、真菌和寄生虫有关，但很少有研究